主人公·翔子是就读于流星学园中等部的中学生。和她很亲密的姐姐·响子，自从5年前去海外留学后就失去了行踪。某天，身份不明者突然袭击了翔子。袭击了她的是过去被女神雅典娜所封印的邪神厄里斯的手下·邪精灵。于是翔子得知了雅典娜以及圣斗士、圣斗少女的存在，同时也知道了自己和姐姐的残酷宿命。灵魂被封印的邪神厄里斯即将复活，邪精灵们也变得活跃。在星矢等人展开银河战争以及与十二宫的恶斗的另一面，沙织和圣斗少女借助黄金圣斗士的力量，展开了与邪精灵的壮烈战斗！并且，恶之撒加也有了复活的征兆……。

故事以18世纪的欧洲为舞台，在当时的意大利某小镇上，有着日本血统的孤儿天马和喜爱绘画的亚伦是一对挚友。某日亚伦受到大圣堂的神父（睡神修普诺思）的指引，去到一处被称为“地面上的极乐净土”的地方寻找“真实之红”。在那里亚伦遇到了一个叫“潘多拉”的神秘少女，自此亚伦的身体开始发生了变化。另一方面，受到天秤座的黄金圣斗士童虎的引荐，天马决定前往希腊圣域接受圣斗士的训练。在圣域，天马遇到了儿时的玩伴，同时也是亚伦的妹妹萨莎。几年前被人收养的萨莎，原来竟然是女神雅典娜的转世。