曾经辉煌一时的日本忍者，在战后被GHQ解散组织而消失。但是，实际上现在忍者还是秘密存在着，据说人数有20万人。而且一部分精锐忍者在国家层面的争斗背后暗中活动。另一方面，基层忍者经常找不到工作，其中之一云隐九郎也过着与啃老族无异的生活。但是，那样的九郎的身边终于有重大的“忍务”……！

关原之战后35年，日本在变迁的时代中逐渐恢复和平。然而，某天突现可怕的怪物——“群凶”，它们袭击人类，以血肉为食。幕府秘密派遣讨伐队剿灭群凶，并将相关地域焚毁掩盖真相。远离纷乱的多胡宿，曾是忍者的阿凛隐姓埋名，作为医生源三郎的助手，与无血缘关系的养女小时平静生活。某日，为了获取治愈小时病症的药，阿凛远行至某村，却发现那里血迹斑斑、尸骨遍地，恐怖异形的群凶袭来。这一刻，她的悲痛往事浮现脑海。为了保护如亲生女儿般珍贵的小时，凛踏上了一场生死未卜的旅程。与此同时，一个仍保有人类意识，却变成“半群凶”的男子士郎被世人厌恶幽禁。他苦于不知自身来历，为了解开身世之谜，踏上了寻找某人的旅程……

从忍者之里逃出来的女忍者·佐藤子，在街头倒下时被路过的女高中生·木乃叶所救。然而好景不长，佐藤子很快就被来自忍者之里的追兵发现。但出乎意料的是，木乃叶轻松击退了那些追兵。——原来她的真实身份竟然是个杀手！一场无知女忍者与杀手女高中生之间危险的同居生活就此展开！

蝙蝠侠与盟友从过去归来仅一天，就发现世界已非离开时的模样。整个日本岛不复存在，正义联盟的英雄们也集体消失。然而他们还没来得及理清头绪，更离奇的变故接踵而至——黑帮成员开始从天上纷纷坠落。